COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-15 17:00:00 5.517970 3.488820 3.544703
2021-07-14 17:00:00 4.342564 4.342564 3.452547
2021-07-13 17:00:00 3.435226 3.435226 3.336400
2021-07-12 17:00:00 3.948070 3.948070 3.226377
2021-07-11 17:00:00 3.542415 3.542415 3.103788
2021-07-10 17:00:00 2.918552 2.918552 2.965665
2021-07-09 17:00:00 2.829401 2.829401 2.826078

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-15 17:00:00 4.310345 4.310345 3.058024
2021-07-14 17:00:00 3.296703 3.296703 3.061303
2021-07-13 17:00:00 2.718287 2.718287 3.048244
2021-07-12 17:00:00 0.000000 2.917772 3.029324
2021-07-11 17:00:00 1.574307 1.574307 2.928197
2021-07-10 17:00:00 1.812367 2.931034 2.888132
2021-07-09 17:00:00 2.846975 2.846975 2.808827

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-15 17:00:00 1.501502 2.178649 2.693340
2021-07-14 17:00:00 4.950495 4.950495 2.894768
2021-07-13 17:00:00 1.282051 1.282051 2.997065
2021-07-12 17:00:00 0.000000 0.000000 2.960984
2021-07-11 17:00:00 4.065041 2.314815 3.006026
2021-07-10 17:00:00 4.000000 4.000000 3.138095
2021-07-09 17:00:00 2.880658 2.880658 3.115703

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-15 17:00:00 1.882353 1.882353 2.224256
2021-07-14 17:00:00 2.779156 2.779156 2.221530
2021-07-13 17:00:00 2.243270 2.243270 2.174632
2021-07-12 17:00:00 1.664533 0.726663 2.100463
2021-07-11 17:00:00 4.268775 4.268775 2.058115
2021-07-10 17:00:00 1.019758 1.019758 2.081647
2021-07-09 17:00:00 2.683063 2.683063 2.009301

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-15 17:00:00 11.153480 11.153480 7.723727
2021-07-14 17:00:00 8.389112 8.389112 7.867167
2021-07-13 17:00:00 4.194941 6.252874 7.749527
2021-07-12 17:00:00 8.185053 3.271693 7.565289
2021-07-11 17:00:00 5.701754 8.034229 7.452554
2021-07-10 17:00:00 7.639142 7.639142 7.381845
2021-07-09 17:00:00 9.572215 9.572215 7.259780

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-15 17:00:00 12.261380 7.158590 7.176997
2021-07-14 17:00:00 6.324324 8.453757 6.976596
2021-07-13 17:00:00 4.782882 4.782882 6.686129
2021-07-12 17:00:00 14.285714 8.526012 6.475422
2021-07-11 17:00:00 7.724252 7.724252 6.284503
2021-07-10 17:00:00 7.328244 7.328244 6.071210
2021-07-09 17:00:00 6.966925 6.966925 5.856166

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-15 17:00:00 1.704545 1.704545 1.718858
2021-07-14 17:00:00 3.281250 1.484375 1.772572
2021-07-13 17:00:00 1.240695 1.240695 1.788931
2021-07-12 17:00:00 5.821918 5.821918 1.789520
2021-07-11 17:00:00 0.657895 0.657895 1.807139
2021-07-10 17:00:00 1.832461 1.832461 1.809683
2021-07-09 17:00:00 0.463594 2.004717 1.856699

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-15 17:00:00 9.067557 4.341125 5.524133
2021-07-14 17:00:00 5.990783 5.990783 5.419870
2021-07-13 17:00:00 5.502154 5.502154 5.243385
2021-07-12 17:00:00 7.547170 7.547170 5.098662
2021-07-11 17:00:00 6.278714 6.278714 4.885831
2021-07-10 17:00:00 6.738132 6.738132 4.654475
2021-07-09 17:00:00 3.737542 3.737542 4.423907

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-15 17:00:00 2.254545 2.254545 1.751300
2021-07-14 17:00:00 2.534854 2.534854 1.700669
2021-07-13 17:00:00 1.581278 1.581278 1.592136
2021-07-12 17:00:00 1.090909 1.090909 1.491774
2021-07-11 17:00:00 2.042419 2.042419 1.400303
2021-07-10 17:00:00 1.300650 1.300650 1.283938
2021-07-09 17:00:00 1.228324 1.228324 1.193218

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-15 17:00:00 4.817906 2.977997 2.447284
2021-07-14 17:00:00 4.700090 2.573859 2.301285
2021-07-13 17:00:00 3.135571 3.135571 2.181034
2021-07-12 17:00:00 1.504355 1.504355 2.027058
2021-07-11 17:00:00 2.981159 2.981159 1.903849
2021-07-10 17:00:00 2.003127 2.003127 1.792455
2021-07-09 17:00:00 1.915390 1.915390 1.674846

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-15 17:00:00 3.300330 3.300330 2.843880
2021-07-14 17:00:00 4.109589 4.109589 2.940937
2021-07-13 17:00:00 1.674641 1.674641 3.021263
2021-07-12 17:00:00 2.506964 0.811542 2.955136
2021-07-11 17:00:00 3.516682 3.516682 3.002945
2021-07-10 17:00:00 2.793296 2.793296 3.050262
2021-07-09 17:00:00 2.122905 2.122905 3.079309

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-15 17:00:00 2.695418 2.695418 1.189646
2021-07-14 17:00:00 2.020202 1.226994 1.110521
2021-07-13 17:00:00 0.000000 0.000000 1.010688
2021-07-12 17:00:00 0.854701 0.854701 0.931770
2021-07-11 17:00:00 2.023121 2.023121 0.854379
2021-07-10 17:00:00 0.000000 0.000000 0.769760
2021-07-09 17:00:00 2.427184 0.485437 0.671066

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-15 17:00:00 11.224490 11.224490 7.867426
2021-07-14 17:00:00 9.090909 9.090909 7.395627
2021-07-13 17:00:00 8.612440 8.612440 7.044544
2021-07-12 17:00:00 0.000000 0.000000 6.682213
2021-07-11 17:00:00 3.437500 6.811146 6.359160
2021-07-10 17:00:00 inf 6.666667 5.942734
2021-07-09 17:00:00 9.677419 9.677419 5.602616

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-15 17:00:00 3.565891 1.007752 1.060060
2021-07-14 17:00:00 4.395604 1.098901 1.036267
2021-07-13 17:00:00 2.087683 2.087683 0.982526
2021-07-12 17:00:00 1.666667 0.417537 0.912506
2021-07-11 17:00:00 1.379310 1.379310 0.886526
2021-07-10 17:00:00 0.964187 0.964187 0.840258
2021-07-09 17:00:00 0.523560 0.523560 0.817418

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-15 17:00:00 2.543007 2.543007 1.246256
2021-07-14 17:00:00 1.758058 0.879029 1.214449
2021-07-13 17:00:00 1.360021 1.360021 1.171803
2021-07-12 17:00:00 1.080737 1.080737 1.134647
2021-07-11 17:00:00 1.365485 1.365485 1.103939
2021-07-10 17:00:00 0.630734 0.630734 1.069876
2021-07-09 17:00:00 1.006289 1.006289 1.006568

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-15 17:00:00 2.815013 2.815013 2.604883
2021-07-14 17:00:00 2.851588 2.851588 2.633321
2021-07-13 17:00:00 6.680441 3.030303 2.723126
2021-07-12 17:00:00 1.493711 1.493711 2.790239
2021-07-11 17:00:00 5.657238 2.400282 2.868164
2021-07-10 17:00:00 2.192513 2.192513 2.897359
2021-07-09 17:00:00 2.318230 2.318230 2.927499

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-15 17:00:00 4.942630 2.272727 2.688576
2021-07-14 17:00:00 6.198347 2.341598 2.574001
2021-07-13 17:00:00 4.244817 4.244817 2.480567
2021-07-12 17:00:00 7.738998 2.517275 2.346256
2021-07-11 17:00:00 3.532609 3.532609 2.262699
2021-07-10 17:00:00 2.006533 2.006533 2.092145
2021-07-09 17:00:00 2.472128 2.472128 1.951848

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-15 17:00:00 8.847118 4.924812 4.734644
2021-07-14 17:00:00 5.933251 3.955501 4.634914
2021-07-13 17:00:00 3.841060 3.841060 4.566276
2021-07-12 17:00:00 6.004804 6.004804 4.472397
2021-07-11 17:00:00 5.884244 5.884244 4.365305
2021-07-10 17:00:00 4.617605 4.617605 4.268009
2021-07-09 17:00:00 5.784173 5.784173 4.160372

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-15 17:00:00 3.402163 1.632252 1.725950
2021-07-14 17:00:00 1.837860 1.837860 1.675979
2021-07-13 17:00:00 1.625000 1.625000 1.656573
2021-07-12 17:00:00 3.565640 1.545306 1.616580
2021-07-11 17:00:00 1.866152 1.866152 1.582207
2021-07-10 17:00:00 1.485149 1.485149 1.546868
2021-07-09 17:00:00 1.889500 1.889500 1.514970

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-15 17:00:00 4.184100 4.184100 2.840887
2021-07-14 17:00:00 2.459016 3.303965 2.706853
2021-07-13 17:00:00 2.976190 2.976190 2.514276
2021-07-12 17:00:00 2.564103 0.881057 2.433584
2021-07-11 17:00:00 1.477833 1.477833 2.372490
2021-07-10 17:00:00 3.744493 3.744493 2.263119
2021-07-09 17:00:00 3.117506 3.117506 2.171910

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-15 17:00:00 0.000000 0.000000 0.106820
2021-07-14 17:00:00 0.000000 0.000000 0.138840
2021-07-13 17:00:00 0.632911 0.632911 0.130411
2021-07-12 17:00:00 0.000000 0.000000 0.129286
2021-07-11 17:00:00 1.081081 0.000000 0.122456
2021-07-10 17:00:00 0.000000 0.000000 0.201658
2021-07-09 17:00:00 0.763359 0.000000 0.216267

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-15 17:00:00 6.508391 6.508391 5.144448
2021-07-14 17:00:00 5.437500 5.437500 5.119501
2021-07-13 17:00:00 6.082375 6.082375 4.931481
2021-07-12 17:00:00 5.814843 5.814843 4.792393
2021-07-11 17:00:00 4.382889 4.382889 4.607863
2021-07-10 17:00:00 4.467843 4.467843 4.440905
2021-07-09 17:00:00 3.141672 3.141672 4.275190

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 4.310345 4.310345 3.058024
Basilicata 1.501502 2.178649 2.693340
Calabria 1.882353 1.882353 2.224256
Campania 11.153480 11.153480 7.723727
Emilia-Romagna 12.261380 7.158590 7.176997
Friuli Venezia Giulia 1.704545 1.704545 1.718858
Lazio 9.067557 4.341125 5.524133
Liguria 2.254545 2.254545 1.751300
Lombardia 4.817906 2.977997 2.447284
Marche 3.300330 3.300330 2.843880
Molise 2.695418 2.695418 1.189646
P.A. Bolzano 11.224490 11.224490 7.867426
P.A. Trento 3.565891 1.007752 1.060060
Piemonte 2.543007 2.543007 1.246256
Puglia 2.815013 2.815013 2.604883
Sardegna 4.942630 2.272727 2.688576
Sicilia 8.847118 4.924812 4.734644
Toscana 3.402163 1.632252 1.725950
Umbria 4.184100 4.184100 2.840887
Valle d'Aosta 0.000000 0.000000 0.106820
Veneto 6.508391 6.508391 5.144448

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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